Pengadilan Negeri Penajam Kelas II merupakan salah satu pelaksana Kekuasaan Kehakiman di lingkungan peradilan umum Pengadilan Tingkat Pertama di bawah kekuasaan Mahkamah Agung RI, sesuai Undang-Undang Nomor 48 Tahun 2009 tentang Kekuasaan Kehakiman dan Undang-Undang Nomor 49 Tahun 2009 tentang perubahan kedua atas Undang-Undang Nomor 2 Tahun 1986 tentang Peradilan Umum.