Wilayah Yurisdiksi Pengadilan Negeri Penajam Kelas II meliputi 4 Kecamatan, 24 Kelurahan, dan 30 Desa dengan rincian wilayah sebagai berikut :

Kecamatan Sepaku

Kecamatan Penajam

 

Kecamatan Waru

 

Kecamatan Babulu

 

  • Kelurahan Mentawir
  • Kelurahan Sepaku
  • Kelurahan Maridan
  • Desa Wonosari
  • Desa Semoi Dua
  • Desa Suko Mulyo
  • Desa Argo Mulyo
  • Desa Tengin Baru/Sepaku Ilir
  • Desa Sukaraja
  • Desa Karang Jinawi
  • Desa Bukit Raya/Sepaku I
  • Desa Bumi Harapan
  • Desa Pemaluan
  • Desa Binuang
  • Desa Tolemow
  • Kelurahan Pantai Lengo
  • Kelurahan Jenebora
  • Kelurahan Gersik
  • Kelurahan Riko
  • Kelurahan Bukit Subur
  • Kelurahan Sepan
  • Kelurahan Sotek
  • Kelurahan Buluminung
  • Kelurahan Penajam
  • Kelurahan Gunung Seteleng
  • Kelurahan Nenang
  • Kelurahan Nipah-Nipah
  • Kelurahan Sungai Parit
  • Kelurahan Sesumpu
  • Kelurahan Kampung Baru
  • Kelurahan Pejala
  • Kelurahan Saloloang
  • Kelurahan Tanjung Tengah
  • Kelurahan Petung
  • Kelurahan Lawe-Lawe
  • Desa Girimukti
  • Desa Giri Purwa
  • Desa Siderejo
  • Kelurahan Waru
  • Desa Bangunmulyo
  • Desa Sesulu
  • Desa Api-Api
  • Desa Labangka
  • Desa Labangka Barat
  • Desa Babulu Darat
  • Desa Rintik
  • Desa Gunung Makmur
  • Desa Gunung Mulia
  • Desa Gunung Intan
  • Desa Sumber Sari
  • Desa Sri Raharja
  • Desa Rawa Mulya
  • Desa Sebakung Jaya
  • Desa Babulu Laut